监管机构每年不少于1次检查，也可根据风险随机开展检查，开展检查或抽样时，经营人或其授权人员须陪同，样品将送到认可的实验室进行必要的检测。饲养牲畜以获得有机肉类或乳制品的经营者，须进行详细的评估，控制机构将检测牲畜，肉类和饲料中的生长激素等禁用物质和抗生素等兽药含量。检测结果不符合有机标准的，控制机构将进行调查并开展风险评估，风险高的食品将被禁止作为有机产品销售，还将对经营场所、样本是否含有杀虫剂、其他有机食品是否受影响、提供原料的企业是否受到影响进行调查，并调查决定经营企业是否为故意或无法控制的情况下被污染等。检测结果显示有机食品含有微量的杀虫剂，未超过安全限度的须停止销售受影响的有机食品，或撤销有机认证，超过安全限度的农药残留，控制机构将向英国化学品管理局(CRD)报告。
